ФГАНУ НИИ хлебопекарной промышленности осуществляет проведение фундаментальных, прикладных и поисковых научных исследований по следующим направлениям:

• Создание технологий и ассортимента хлебобулочных, макаронных и экструзионных изделий, в том числе обогащенных, функционального и специализированного назначения;
•  Создание технологий хлебобулочных и мучных кондитерских изделий с длительными сроками годности, в том числе для рациона питания космонавтов;
•  Исследование биохимических и технологических свойств сырья и разработка рекомендаций по его применению;
• Разработка хлебопекарных улучшителей целевого назначения, для повышения качества хлебобулочных изделий из муки с различными хлебопекарными свойствами;
• Селекция высокоактивных штаммов дрожжей, молочнокислых бактерий и других промышленно ценных видов микроорганизмов, ведение музея чистых культур и обеспечение ими хлебопекарных предприятий;
• Разработка методов, средств и технологий, в том числе заквасок и других функциональных полуфабрикатов, для повышения качества и микробиологической безопасности хлебобулочных изделий, в том числе функционального и специализированного назначения;
• Фундаментальные исследования реологического поведения различного сырья, полуфабрикатов и пищевых продуктов;
• Разработка и внедрение современных методов оценки качества сырья, полуфабрикатов, хлебобулочных и макаронных изделий.